学校积极整合教育教学资源，对学科专业进行科学的统筹整合，学科建设明显加强，学科体系得到优化，尤其以核类、医类相关学科为龙头，大力构建特色学科群，逐步形成了“核”、“医”、“环保”特色学科专业体系。
    学校核类学科专业特色鲜明，具有从学士到硕士、博士以及博士后科研流动站的完整体系，成为全国核类专业齐全、办学层次完整、本科生规模最大的高校之一。医学学科专业品牌突出，建立了完整的从学士到硕士、博士以及博士后科研流动站的健全体系，成为湖南省医、护、技、药、预防等高级专门人才培养的重要基地。环保学科专业底蕴深厚，以核安全防护与环境工程为主的环境学科专业优势和特色得到发掘，并基本形成框架体系。
    学校以特色学科专业为示范，全面带动其他学科专业的建设和发展，学校学科专业总体水平大大提升：建设省部级重点学科、国防特色支撑学科和省特色优势学科8个；省级研究生创新基地3个，新增一级学科博士点2个，二级学科博士点由2个增至11个；新增一级学科硕士点14个，二级学科硕士点由24个增至107个，专业学位授权点由2种扩至3种；一级学科博士后科研流动站从无到有达到3个；建设国家级特色专业6个，省部级特色专业16个，新增本科专业12个，本科专业增至59个。获中央与地方共建高校特色优势学科专业实验室14个、省级基础课示范实验室（实践教学中心）8个、省优秀实习基地14个。
    核、医、环保学科专业特色得到了上级相关部门和领导、同行以及社会的普遍认同，鲜明的办学特色也给学校带来了良好的社会效益。近年来，《中国教育报》、《中国核工业报》、《湖南日报》、《中国军工报》、《大公报》等权威媒体多次对学校进行专题报道，把学校誉为“中国核工业人才培养的‘摇篮’”；湖南省委书记周强多次对学校鲜明的办学特色给予充分肯定和高度赞誉，在2011年5月24日湖南省人民政府与国家国防科技工业局签订“十二五”共建南华大学协议签字仪式上，周强发表重要讲话，他表示，省委省政府将把南华大学纳入全省“十二五”规划和教育强省建设重点，称赞南华大学潜力巨大，前景广阔。